Cílem OP Jan Amos Komenský je podpora rozvoje otevřené a vzdělané společnosti založené na znalostech a dovednostech, rovných příležitostech a rozvíjející potenciál každého jednotlivce, která povede k růstu konkurenceschopnosti České republiky a zlepšení životních podmínek jejích obyvatel. Operační program zahrnuje dvě priority, a to prioritu 1 - výzkum a vzdělávání a prioritu 2 - vzdělávání.