Absolvoval Lékařskou fakultu Masarykovy univerzity v Brně a spojil s ní své působení na téměř celé další půlstoletí.
Za svůj obor si zvolil obecnou mikrobiologii. Sumu našich vědeckých poznatků rozšířil o nová významná fakta - jedním z nejdůležitějších byl důkaz účinku bakteriocinů, látek hubících bakterie, na eukaryontní, zejména nádorové buňky.
Poznatky ze svých výzkumů publikoval profesor Šmarda v téměř 150 původních pracích. Dále uveřejnil přes 80 populárně vědeckých prací a podílel se na vzniku desítek učebnic biologie pro lékařské fakulty a střední školy. Od mikrobiologie se přenesl vědecký zájem profesora Šmardy i k blízké genetice. Její základy, současnou úroveň i etická úskalí vyložil v několika populárně vědeckých knihách, naposledy v titulu "Člověk v proudu dědičnosti".
V současnosti Jan Šmarda stále přednáší na Masarykově univerzitě a pracuje na grantových výzkumných projektech.
Udělení Ceny města Brna je výrazem ocenění celoživotní tvůrčí práce vědce, jehož výsledky jsou uznávány v měřítku překračujícím hranice našeho státu.