Od roku 1957 až do začátku 90. let pracovala v oddělení archeologie a historie v Muzeu města Brna. Brno se stalo středem jejího odborného zájmu: studovala jeho dějiny od středověku po současnost, zkoumala vývoj městské zástavby, památek a obohatila dosavadní poznatky o brněnských osobnostech.
Výsledky svých výzkumů shrnula Milena Flodrová v řadě publikací - jsou to například práce o dějinách a názvosloví brněnských ulic či o brněnských hřbitovech. Její bibliografie však zdaleka není uzavřena.
Své poznatky Milena Flodrová zúročila při přípravě výstav v Muzeu města Brna. Největší popularitu si však zasloužila svou přednáškovou činností. Od šedesátých let až do dneška uspořádala desítky veřejných přednášek a také rozhlasových či televizních besed věnovaných dějinám našeho města. Podobně i na stránkách novin publikovala seriály o historii Brna a jeho čtvrtí.
Dlouholetá odborná i popularizační práce této historičky ve prospěch města Brna si plně zaslouží ocenění. Udělení Ceny města Brna je výrazem uznání její celoživotní práci.