Josef Pančík se narodil v Blatničce - okres Hodonín. Jeho blízký vztah k hudbě formovalo už rodinné prostředí. V roce 1959 absolvoval varhanní třídu prof. Josefa Černockého na Konzervatoři. Pod vlivem prof. Josefa Veselky, učitele sborového zpěvu na Konzervatoři, pokračoval Josef Pančík ve vysokoškolském studiu, v oboru řízení sboru na Janáčkově akademii múzických umění, kterou ukončil roku 1963. V té době byl členem Akademického pěveckého sdružení Moravan, kde sbíral zkušenosti pro svou pozdější sbormistrovskou praxi. Už jako posluchač JAMU spolupracoval také s Brněnským akademickým sborem a založil Brněnské madrigalisty.
V roce 1965 se stává druhým sbormistrem Janáčkovy opery a v roce 1968 vedoucím sbormistrem tohoto souboru. Za více než tři desítky let nastudoval téměř dvě stovky premiér klasického i moderního repertoáru. Pod jeho vedením se brněnský operní sbor stal špičkovým kolektivem, který ve svém oboru je uznáván jako absolutní špička evropského významu, což prokázal při četných hostováních
v řadě zemí Evropy, v poslední době rovněž v Japonsku. Všude se skvěle prezentoval v náročných sborových partiích oper, kantát a oratorií. Josef Pančík je velmi často zván k nastudování sborů pro inscenace v zahraničních divadlech, zejména v Itálii a ve Španělsku.
Od roku 1980 vyučuje Josef Pančík řízení sboru na brněnské Janáčkově akademii múzických umění. Zde vychoval celou řadu mladých adeptů sbormistrovského umění, kteří dnes úspěšně působí ve svém oboru.
Samostatnou kapitolou jeho mimořádně úspěšné a plodné dosavadní umělecké kariéry je jeho činnost s Brněnskými madrigalisty. Toto těleso se pod Pančíkovým vedením stalo absolutní špičkou v oboru komorního sborového zpěvu nejen v České republice, ale i v Evropě, a to šíří svého repertoáru a prosazováním nových interpretačních přístupů, které Josef Pančík důsledně uplatňoval při interpretaci klasické i moderní sborové tvorby. Navíc inicioval vznik významných děl, jež se stala trvalou součástí české sborové tvorby.
Josef Pančík svou veškerou dosavadní uměleckou tvorbou demonstruje vysoké kvality brněnského hudebního života a má výraznou zásluhu o popularizaci města Brna v zahraničí. Jeho činnost představuje skutečnou hodnotovou konstantu zejména pro brněnskou operu, jejíž úroveň a prestiž mimořádným způsobem posiluje.