V roce 1964 absolvoval Filozofickou fakultu v Brně, poté krátce působil jako učitel a knihovník. Od 60. let publikoval v Hostu do domu a dalších časopisech. V 70. a 80. letech pracoval v dělnických profesích a přispíval do samizdatových a exilových periodik. Teprve po roce 1989 vydal romány, sbírky povídek a kritických statí, některé práce vyšly i v zahraničí.
Zvláštní místo v současné české próze získal Jiří Kratochvil formálně jedinečnými romány, k nimž patří např. 'Medvědí román', 'Uprostřed noci zpěv', 'Avion', 'Nesmrtelný příběh', a novelou 'Truchlivý Bůh', kde osobitě reflektuje českou skutečnost v totalitní éře. Díla obsahují četné autobiografické prvky a svébytně zrcadlí typicky brněnskou kulturní a společenskou atmosféru.
Podobné rysy má i jeho povídková tvorba, shrnutá např v souboru "Orfeus z Kénigu". Je rovněž autorem esejů, rozhlasových her a divadelní hry "A babička slaví devětadevadesáté narozeniny", uvedené v Městském divadle Brno.
Jiří Kratochvil se řadí k nejpozoruhodnějším českým beletristům konce 20. století. Jeho práce byly oceněny pěti prestižními literárními cenami včetně Ceny Jaroslava Seiferta za rok 1999. K nim nyní město Brno jako výraz uznání připojuje Cenu města Brna.