Jiří Pernes se narodil 4. července 1948 ve Svitavách. Vystudoval český jazyk, dějepis a muzeologii na Filozofické fakultě dnešní Masarykovy univerzity. Poté pracoval v několika muzeích. Stal se např. ředitelem Historického muzea ve Slavkově u Brna, v 90. letech vedl Moravské zemské muzeum v Brně. Zastával také post předsedy Vědecké rady Ústavu pro studium totalitních režimů a krátce byl jeho ředitelem. Později působil jako vědecký pracovník Ústavu pro soudobé dějiny AV ČR, inicioval i vznik jeho brněnské pobočky. Vyučoval rovněž na Fakultě sociálních studií MU, předsedal spolku přátel Muzea města Brna a byl členem mnoha dalších odborných a společenských rad a komisí. Angažoval se i v politice.
Docent Pernes se dlouhodobě zabýval historií Moravy a Brna. Mimo jiné ho zajímaly dějiny brněnského vysokého školství, zejména Vysokého učení technického. Je autorem obsáhlé a cenné publikace Kapitoly z dějin VUT v Brně. Cesta moravské techniky 20. stoletím. Problematiky Moravy se dotýká také jeho kniha Pod moravskou orlicí aneb dějiny moravanství. Nejen v těchto dílech, ale také v mnohých dalších odborných pracích, publikacích či scénářích pro brněnské studio České televize prokázal Jiří Pernes bohatou erudici i schopnost prezentovat fakta přístupně a zajímavě a nacházet a komentovat nové souvislosti v dějinách obecně, a zvláště pak v historii Moravy a Brna. Kultivoval a rozšiřoval tak historické povědomí zdejších obyvatel a posiloval jejich vztah k zemi i městu.
Jiří Pernes zemřel ve věku 76 let v noci z 21. na 22. května 2025.